یکی از ارکان مهم در حسن اجرای الگوی تربیت کوثری، نظام مدرسه‌داری است. مدرسه تنها ساختار فیزیکی محیط برای فرایند تربیت نیست؛ بلکه ترکیبی نظام‌مند از فضا، مکان، جوّ و روابط اجتماعی، تربیتی، مشاوره ای و فرهنگی میان عوامل حاضر در آن است که بستر اجرای صحیح فعالیت‌ها و برنامه‌ها می‌باشد. مدرسه موفق و پیش‌گام تحول، مدرسه‌ای است که اثربخشی مؤثری در تکوین و تعالی هویت و رشد همه‌جانبه و تمام ساحتی متربیان خویش داشته باشد.
مدرسه در تربیت تحولی، محیطی باکیفیت، جذاب، برانگیزاننده و دارای جوّ صمیمی، اخوت، مساعدت، همکاری، نوع دوستی با مشارکت فعال دانش آموزان و خانواده های آنان و دارای تشکیلات و ساختاری مناسب، پویا و “هویت دار” است، به‌گونه‌ای که با اجرای برنامه‌های تربیتی و آموزشی متنوع و مناسب، تحقق “مدرسه زندگی“ را فراهم سازد.
هرچند تیم معلم – مربی در ابتدایی و راهبر تربیتی و آموزشی کلاس در متوسطه، عهده‌دار اصلی برنامه‌ریزی درسی و تربیتی دانش آموزان در محیط ها و فضاهای متنوع تربیت و یادگیری است، ولی مدیریت مدرسه وظیفه دارد اولاً بخشی از واحدهای جدید در محیط مدرسه و مشترک بین چند کلاس را راهبری نماید و ثانیاً هدایت، کمک و تسهیلگری، حمایت و پشتیبانی، و نظارت مثبت و مؤثر را برای اجرای این الگو معمول دارد.
در این الگو، محیط کالبدی درون مدرسه مانند فضاهای فیزیکی داخل کلاس، راهروها، حیاط مدرسه و سایر مکان‌های فیزیکی مدرسه مانند نمازخانه، فضای ورزشی، کارگاه، کتابخانه، آزمایشگاه و… می‌بایست متناسب با واحدهای تربیت و یادگیری جدید به‌تدریج بازطراحی و نوسازی شود. اجرای بهینه این برنامه نیاز به یک طراحی جدید در ساختار و فضای کالبدی مدرسه را ایجاب می‌کند.
مدیریت و راهبری مدرسه ضمن اینکه در جهت دستیابی به دانش و مهارت و حد قابلی از فرزانگی در راستای تعلیم‌وتربیت رسمی و عمومی دانش‌آموزان تلاش می‌نماید، با رویکردی تربیتی، خلاق و ولایت‌مدار،کنشگری فعال دانش‌آموزان را در دوره دوم متوسطه نظری جهت سوق‌دادن به سمت تحصیل در دانشگاه‌های برتر و تشکل‌های کار و تولید، علمی، فرهنگی، هنری، ورزشی و حلقه‌های میانی تمدن‌ساز ارتقا دهد.
